醫院財務管理關系到醫院資金運轉和使用情況，決定醫院未來發展方向。目前我國新發布的醫療衛生改革體制，充分暴露醫院財務管理工作中存在的不足，如果醫院想要在新形勢下提升服務質量和保證穩定發展，就必須面對自身問題進行改革與完善，從而提高醫院資金運轉和使用效率，降低醫療服務成本。
　　
　　醫療單位財務管理創新工作是醫療單位開展醫療活動的重要保證，是醫療單位賴以生存和發展的基礎。因此，創新財務管理機制，提高財務人員整體素質，構建醫療單位財務管理新模式意義重大。但是，目前我國絕大多數醫療單位財務管理創新工作還比較弱化，創新意識很淡，如不及時改變這種狀況就會嚴重地制約醫院的發展。因此，改革舊的財務管理模式，創新管理機制，提高財務管理水平，成為當前醫療單位面臨的刻不容緩的問題。
　　
　　1；我國醫療單位對于財務部門作用的認識和開發不夠完善和科學。有關部門沒有能夠根據醫療單位發展計劃提出自己的財務管理框架，沒有參與到醫療單位戰略發展的討論中去，導致醫療單位在構建醫療服務信息系統時，缺乏對醫療單位在發展過程中財務管理作用的明確定位。
　　
　　2；許多醫療單位的財務管理者沒有將IT 技術應用于自己會計信息系統中，僅僅停留在手工財會工作上。沒有重新設計財務會計流程，只是簡單模仿和照搬手工流程，各個核算子系統仍然是彼此獨立的;缺乏會計數據傳輸的實時性、一致性、系統性;沒有改變傳統會計信息系統結構的本質，也沒有消除這種系統結構的固有缺陷。
　　
　　3；許多醫療單位的財務部仍然是計算器加算盤的傳統角色。不能夠站在醫療單位戰略發展的角度，為醫療單位高管理層提供有價值的決策信息。這樣的信息系統使得醫療單位財務部成為又一個“獨聯體”，不能實現財務與業務之間、業務與業務之間的協同，加大了醫療單位的財務風險。
　　
　　4；目前我國醫療單位財務管理信息化程度仍然很低。財務軟件的應用還不普及，財務信息人才缺乏，人員的素質也比較低，嚴重制約著醫院的發展。
　　
　　隨著醫療體制的日益改革，國外醫療機構進入我國醫療行業的可能性日益增大，醫療單位財務管理面臨著新形勢，并對之提出了新要求。在新形勢下如何進一步加強與創新醫療單位財務管理，不斷提高社會效益和經濟效益，是醫療單位財務必須認真面對的新課題。