一套完整的醫院管理his系統，主要必須涵蓋兩個區塊，一個是臨床信息系統CIS（ClinicalInformationSystem）、另一個是醫院管理信息系統HMIS（HospitalManagementInformationSystem）。早期的醫院信息系統，大多僅著墨于臨床信息系統，也就是主要范圍在支持醫院醫護人員的臨床動作、協助收集與處理病人的臨床醫療信息，以及透過歷史資訊提供醫護人員大量臨床醫學知識，來增進醫護人員的工作效率、輔助診療進行，與更精準地下達臨床決策。
　　
　　但這些臨床信息系統，大多是跟隨單項醫療作為所設計，舉例來說：醫囑處理系統、臨床照護系統、各種檢查檢驗系統與藥物諮詢系統等等。這些系統通常十分分散，且絕大部分由不同的軟件廠商進行開發，相互之間的信息無法支援傳遞。常常使得一個簡單的工作，需要花費原本兩倍以上時間來處理，進而影響終端使用者（也就是醫護人員）的使用意愿，造成大量資源的浪費。
　　
　　因此以一個完善的臨床信息系統來說，如何去整合各項子系統之間的信息傳遞，快速地累積并豐富醫療資源信息，促使醫護人員的工作效率與品質提升，為新一代臨床信息系統的主要課題。
　　
　　除了臨床信息系統之外，醫院管理信息系統的需求也日漸抬高。HMIS主要的目標，在于支持醫院管理與事務處理工作，透過相關信息的收集與分析，輔助高層管理人員下達并執行決策，力求以最低的資源投入達成高的經濟效益。目前最常見到的人事系統、財務系統、指標與評鑒系統等等，皆屬于醫院管理信息系統之范疇。
　　
　　醫院管理信息系統相較于臨床信息系統，因為所牽涉到的工作人員較少，使用者的層級較高，所以比較起來所耗費的人力資源與成本，相對地較為低廉。有管理層面的作為，通常會直接影響醫院營運發展，所能展現出來的實質效益較高，所以如果以投入與產出的考量點出發，絕大多數的醫院決策者，均認為導入HMIS會比CIS，更直接、更明確，且更有系統性地得到回報。
　　
　　但我們必須了解一點，HMIS與CIS不管在醫院運營，亦或是一般醫療工作流程，實為無法區分之兩個相互關聯個體。以CIS來說，系統的出發點在于以病患為中心的相關臨床醫療信息；而對于HMIS來說，工作實務面的信息收集，是管理系統資料分析的主要來源。因此CIS與HMIS的相互搭配，會使得彼此之間的工作效率與準確度大為提升。
　　
　　現今有許多的大型系統廠商相繼投入開發HIS系統這個領域，例如：IBM、微軟、Novell等等，但這些公司都面臨到一些相同的問題點：
　　
　　1.軟件公司缺乏醫療相關管理與實務經驗，醫院方面缺乏計算機專業人才，因此導致無法將醫院實質需求，轉換為確切的開發目標。常常淪落至為了臨時需求而開需求，系統項目越來越多，迷失原先系統所欲達成之目標。
　　
　　2.相同需求或相同項目重復進行開發，這個問題點主要在于：不同的使用者單位，其管理方式有決定性上的差異，而使得已開發之軟件無法通用，必須重復耗費巨額的開發成本。
　　
　　3.HIS管理軟件與其他的MIS管理軟件不同，并無任何統一的運行標準，也無業界統一較為高水平之指標項目，因此想單以一個成功桉例來進行推廣起來較為困難。